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确山黑猪HOXA5基因组织表达及生物信息学分析

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[目的]探究确山黑猪HOXA5基因的组织表达情况和HOXA5蛋白的结构功能.[方法]利用实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,qRT-PCR)技术检测HOXA5基因在确山黑猪各组织中的表达情况,并与大白猪皮下脂肪和背最长肌进行对比;以确山黑猪皮下脂肪组织为cDNA模板,克隆确山黑猪HOXA5基因编码(cod-ing sequence,CDS)区序列,利用生物信息学软件分析确山黑猪HOXA5基因CDS区序列及其编码蛋白质的结构和功能.[结果]HOXA5基因在确山黑猪肺脏中表达量最高,其次是肝脏和皮下脂肪,且显著高于其他组织.同时,HOXA5基因在确山黑猪皮下脂肪组织中表达量显著高于大白猪.通过对确山黑猪HOXA5基因进行克隆及生物信息学分析,获得的确山黑猪HOXA5基因CDS区全长813 bp,编码270个氨基酸,与牛、绵羊、马、黑猩猩、小鼠、人和鸡的同源性分别为99.1％、99.0％、98.8％、97.8％、97.4％、95.6％和81.3％.确山黑猪HOXA5蛋白分子质量为29.28 kD,主要位于细胞核内,属于酸性、亲水性蛋白,且不具有跨膜结构和信号肽;在二级结构和三级结构中,HOXA5蛋白由 α-螺旋、延伸链、β-转角和无规则卷曲组成,为混合型蛋白,以无规则卷曲为主.[结论]HOXA5基因作为调控猪脂肪沉积的候选基因,在确山黑猪品种的改良中具有重要意义.
Tissue expression and bioinformatics analysis of HOXA5 gene in Que' shan black pigs

段栋栋、李聪、李梦雨、李欣、王克君、李秀领、韩雪蕾、乔瑞敏、李新建

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河南农业大学动物科技学院,河南 郑州 450046

确山黑猪 大白猪 HOXA5基因 基因克隆 组织表达 生物信息学分析

国家自然科学基金河南省生猪产业技术体系建设项目

U1804106S2012-06-G03

2022

河南农业大学学报
河南农业大学

河南农业大学学报

CSTPCDCSCD
影响因子：0.517
ISSN：1000-2340
年,卷(期)：2022.56(2)
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