河北省塞内卡病毒AVP2基因克隆和序列分析

Cloning and sequence analysis of VP2 gene of Senecavirus A in Hebei Province

王晶 ¹郭禹 ¹赵云环 ¹顾文源 ²刘涛 ³翟刚 ¹张帅 ¹王丙雷 ¹左玉柱 ⁴范京惠⁴

扫码查看

作者信息

1. 河北农业大学动物医学院,河北保定071001
2. 河北农业大学动物医学院,河北保定071001;河北省动物疫病预防控制中心,石家庄050053
3. 河北农业大学动物医学院,河北保定071001;瑞普(保定)生物药业有限公司,河北保定071000
4. 河北农业大学动物医学院,河北保定071001;河北省兽医生物技术创新中心,河北保定071001
折叠

摘要

为了解河北省塞内卡病毒A(SVA)VP2基因的变异及分子进化情况,试验设计了一对VP2基因扩增引物,通过RT-PCR方法扩增和克隆测序,利用MEGA 7.0软件对测序获得的VP2基因序列和GenBank上的参考序列进行遗传进化分析,运用MegAlign 5.0软件进行核苷酸和氨基酸同源性分析.结果表明:成功扩增并测序得到VP2基因序列,将该序列上传至GenBank,获得基因登录号为MZ031967,命名为SVA HB-BD株.该毒株与中国毒株核苷酸序列相似性为95.9％～99.6％;与原型毒株SVV-001(DQ64125-7核苷酸)相似性较低,为94.6％;与其他美国毒株(MN812946、MN812947、KC667560、MH704432、MN812938、MN812937、KU954086、NC011349)核苷酸相似性为93.0％～94.6％.SVA HB-BD株与2015—2016年分离毒株亲缘关系较近,处于同一分支,而与2017—2018年分离毒株亲缘关系较远.SVA HB-BD株与广东省分离毒株氨基酸序列相似性较高,并且在VP2蛋白中和表位位点高度保守.说明HB-BD株与中国毒株具有相同起源,并且在不断演变.

关键词

塞内卡病毒A/VP2基因/PCR扩增/序列分析/遗传进化

引用本文复制引用

基金项目

河北省重点研发计划(19226622D)

河北省农业产业技术体系建设项目生猪创新团队项目(HBCT2018110207)

出版年

2022

黑龙江畜牧兽医(下半月)

ISSN：

浏览量1

参考文献量3

段落导航