摘要
为了研究繁殖障碍母驴子宫细菌多样性,试验将11头3～5岁成年母驴按健康状况分为健康组(HG组)、子宫炎组(MG组)和屡配不孕组(SG组),分别采集每组的子宫分泌物,提取样本总DNA后对细菌16S rRNA的V3～V4可变区进行PCR扩增,利用Illumina MiSeq PE300平台进行高通量测序.对测序数据进行统计和OTU聚类并绘制稀释曲线,计算Alpha多样性指数(Chao、Ace、Shannon、Simpson、Coverage指数),并基于OTU聚类结果进行物种注释和统计、Beta多样性和菌群相对丰度差异分析.结果表明:共得到有效序列436487条,其中HG组152882条,MG组161781条,SG组121824条;有效序列长度主要分布在421～460 bp之间,平均序列长度为437 bp,其中HG组约为437 bp,MG组约为438 bp,SG组约为436 bp;根据序列97％相似水平划分得到的OTU数目为511个.SG组和MG组的Ace、Chao指数均高于HG组;Shannon指数以SG组为最高,MG组为最低;Simpson指数以MG组为最高,SG组为最低;三组Coverage指数均为0.99.三组细菌相对丰度高于1％ 的共10个门,占菌群相对丰度的95.74％～97.98％,分别为拟杆菌门(Bacteroidetes)、硬壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、Synergistetes菌门、Sac-charibacteria菌门、螺旋菌门(Spirochaetae)、SR1_Absconditabacteria菌门和软皮菌门(Tenericutes),优势菌门为拟杆菌门、硬壁菌门、变形菌门和放线菌门;三组细菌相对丰度高于1％ 的共37个属,占菌群相对丰度的66.60％～78.67％,分别为紫单胞菌属(Porphyromonas)、丝状杆菌属(Filobacterium)、弯曲杆菌属(Campylobacter)、梭杆菌属(Fusobacterium)、Oceanivirga菌属、棒状杆菌属(Corynebacteri-um)、嗜胨菌属(Peptoniphilus)、Ezakiella菌属、活动弯曲杆菌属(Mobiluncus)、蛋白胨链球菌属(Pep-tostreptococcus)等;优势菌属为紫单胞菌属、丝状杆菌属、弯曲杆菌属和梭杆菌属.经PCA法分析HG组、MG组和SG组在属水平PC1轴上的菌群组成差异解释度为48.54％,在PC2轴上的菌群组成差异解释度为15.02％;经PCoA法分析HG组、SG组和MG组在属水平PC1轴上的菌群组成差异解释度为37.76％,在PC2轴上的菌群组成差异解释度为23.44％;三组总体上菌群组成相似,但MG组个别样本与其他样本菌群组成差异较大.HG组的纤毛菌属细菌相对丰度在三组中最高,与其他两组差异显著(P<0.05);SG组的棒状杆菌属和克里斯滕森菌属细菌相对丰度在三组中均最高,与其他两组差异显著(P<0.05);MG组的拟杆菌属细菌相对丰度在三组中最高,与其他两组差异显著(P<0.05).说明不同健康状况下母驴子宫细菌多样性具有明显差异.
基金项目
国家自然科学基金(31671287)
山东省现代农业产业技术体系建设项目驴创新团队建设专项(SDAIT-27)
山东省驴产业科技协同创新中心开放课题(3193308)
聊城大学理工科研项目(318011701)
NETL
NSTL
万方数据