为获得豪猪MITF-M转录本序列,并对其进行生物信息学分析,试验首先将人工饲养豪猪的耳廓皮肤组织样本提取总RNA后进行无参转录组测序,对获得的所有MITF转录本通过序列比对分析筛选豪猪MITF-M转录本序列,然后采用生物信息学在线软件对豪猪MITF-M基因编码蛋白的理化性质、氨基酸组成、亚细胞定位、二级结构、三级结构、信号肽和跨膜区域进行预测和分析,最后分析豪猪与大鼠、鸡、绵羊等9个物种MITF-M蛋白的同源性,并采用邻接法构建MITF-M蛋白的系统进化树.结果表明:获得豪猪MITF-M转录本序列(已上传至GenBank,登录号为MW84037),序列全长为4 772 bp,含9个外显子,CDS长度为1 260 bp(229～1 488 bp),编码419个氨基酸.豪猪MITF-M蛋白化学分子式为C2010H3263N585O652S26,共由6 536个原子组成;相对分子质量为46 890.11;理论等电点为5.82,为酸性蛋白质;脂肪氨基酸系数为79.64,不稳定指数为69.40,亲水指数为-0.617.豪猪MITF-M蛋白共由20种氨基酸构成,其中亮氨酸含量最高(占比为11.5％),而色氨酸含量最低(占比为0.2％);带正电荷(天冬氨酸、谷氨酸)和负电荷(精氨酸、赖氨酸)的氨基酸残基数目分别为52个和44个;二级结构由α-螺旋、延伸链、β-转角和无规则卷曲构成,其中α-螺旋占比为37.47％,延伸链占比为7.40％,β-转角占比为2.86％,无规则卷曲占比为52.27％;三级结构中存在左右对称的CLEAR-box结构;豪猪MITF-M蛋白不具有信号肽,不存在跨膜区域;豪猪MITF-M蛋白的氨基酸序列与人MITF-M蛋白相似性最高,为95.7％;与猪MITF-M蛋白变异性最低,仅为4.2％.豪猪与同属啮齿目的大鼠、小鼠的进化距离较近,与物种分类相吻合.说明成功获得了豪猪MITF-M转录本序列,其编码蛋白符合转录因子在细胞核中发挥作用的结构特点.
NETL
NSTL
万方数据
