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东北野猪受选择基因筛选与分析

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为了研究东北野猪受选择基因情况,试验对4头东北野猪基因组进行了重测序,采用滑窗法、基因功能和信号通路富集分析等方法筛选4头东北野猪基因组中的受选择基因,并对其功能和参与信号通路进行了富集分析.结果表明:东北野猪基因组中大约有29.81 Mb的区间受到了选择,涉及到411个基因,其中279个基因有功能注释;γ-氨基丁酸受体1(gamma-aminobutyric acid receptor 1,GABAR1)基因、硫氧还蛋白2(thioredoxin 2)基因、激素肽3(tachykinin 3)基因、5-羟色胺受体(5-hydroxytryptamine receptor)基因与神经系统有关,干扰素-欧米伽2(interferon-omega-2)基因、钙调素6(calmodulin like 6)基因与免疫相关,鱼精蛋白1(protamine 1)基因与雄性生殖相关;279个受选择基因作为细胞组分主要与突触后膜、突触膜、突触后成分细胞连接、神经元投射、质膜区有关,具有中链脂肪酸辅酶A连接酶活性、γ-氨基丁酸受体活性、形成碳氧键连接酶活性、神经递质受体活性、突触后神经递质受体活性、钙依赖性磷脂结合等分子功能,参与了多巴胺分泌、多巴胺分泌调节、药物反应等生物学过程;受选择基因在分子功能方面富集不显著[错误发现率(FDR)＞0.05]),在生物学过程和细胞定位方面均显著富集(FDR≤0.05);受选择基因在KEGG、Rectome、Wiki数据库的信号通路中均不能显著富集(FDR＞0.05),在3个数据库的信号通路中都涉及到了γ-氨基丁酸受体信号途径,在KEGG通路和Wiki通路中都出现了铁死亡途径.说明东北野猪与神经系统、免疫系统相关基因受到了选择.
Screening and analysis of selection related genes in Northeast wild boars

王文涛、刘娣、张冬杰、何鑫淼、龚林明、田明、赵跃坤

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黑龙江省农业科学院畜牧研究所,哈尔滨150086

伊春宝宇农业科技有限公司,黑龙江伊春153000

黑龙江省农业科学院成果产业处,哈尔滨150086

东北野猪 受选择基因 选择性清除 GO富集分析 分子功能 生物学过程 细胞定位

黑龙江省农科院院级成果转化中试项目

2020ZSX007

2022

10.13881/j.cnki.hljxmsy.2021.06.0272

黑龙江畜牧兽医(下半月)

黑龙江畜牧兽医(下半月)

ISSN：
年,卷(期)：2022.(6)
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