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哺乳动物低氧适应性基因EGLN1的密码子偏好性与聚类分析

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为了研究哺乳动物低氧适应性基因EGLN1的密码子偏好性和进化关系,试验采用多种分析软件对18种哺乳动物的EGLN1基因进行了分析.结果表明:18种哺乳动物共同偏好使用的密码子有7个,藏羚羊和山羊偏向使用以A或U结尾的密码子,其余物种均偏向使用以G或C结尾的密码子.EGLN1基因在不同物种编码时偏好使用的密码子存在差异;AGU、CUU、CCA、GCU是野牦牛、藏羚羊、山羊共有的偏好性密码子;UCU、AGU、CUU、CCA、GCU、GAA、GCU是藏羚羊、山羊共有的偏好性密码子;CCA、GCU、AAA是藏羚羊、马共有的偏好性密码子;这些密码子主要在野牦牛、藏羚羊、山羊、马中偏好使用,在其他物种中使用较少.野牦牛对编码Tyr、Cys的密码子没有偏好性,藏羚羊、山羊对编码Asn的密码子没有偏好性.基于EGLN1基因密码子偏好性的聚类与基于EGLN1基因CDS序列的分类结果不完全一致,总体上亲缘关系相近的物种密码子偏好性差异小.说明密码子使用的偏好性可以作为物种分类的一种指标.
Codon usage bias and cluster analysis of the EGLN1 genes with hypoxic adaptation in mammals

宋乔乔、钟金城

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西南民族大学动物遗传育种学国家民委-教育部重点实验室,成都610041

哺乳动物 遗传密码 低氧适应性 EGLN1基因 密码子偏好性 聚类分析

西南民族大学研究生创新型科研项目

CX2014SZ123

2014

黑龙江畜牧兽医
黑龙江省畜牧兽医学会

黑龙江畜牧兽医

北大核心
影响因子：0.402
ISSN：1004-7034
年,卷(期)：2014.(10)
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