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H9N2禽流感病毒全基因组密码子使用偏好性及影响因素分析

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[目的]探究H9N2禽流感病毒(AIV)全基因组的密码子使用偏好性及影响因素.[方法]选取2010—2018年国内H9N2 AIV流行毒株的全基因组为研究对象,分析其碱基组成特性、最优密码子、密码子使用偏好性的影响因素以及病毒对宿主密码子使用模式的适应性.[结果]H9N2 AIV的全基因组中AU含量高于GC.大部分最优密码子以A或U结尾,有效密码子数(ENC)平均值为52.86,提示存在密码子使用偏好性但偏好性较低.密码子使用偏好性主要受到突变压力和自然选择的共同作用,其中自然选择(所占比例为61.79％～76.15％)作用大于突变压力(所占比例为23.85％～38.21％).H9N2 AIV对人Homo sapiens的密码子适应指数平均值为0.739～0.741,提示H9N2 AIV禽流感病毒可能已适应人类的密码子使用模式.[结论]本研究为H9N2 AIV的基因进化分析、已有疫苗的密码子优化和新型疫苗(密码子去优化疫苗)研制提供了理论依据.
Codon usage bias of H9N2 avian influenza virus complete genomes and its influence factors

黄蔚虹、陈永杰、孙彦阔、孙卫东

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南京农业大学动物医学院,江苏南京 210095

广东省动物源性人兽共患病预防与控制重点实验室/华南农业大学兽医学院,广东广州 510642

H9N2禽流感病毒 密码子使用偏好性 自然选择 突变压力

国家重点研发计划1

2016YFD0500800-10[TG17003]

2020

华南农业大学学报
华南农业大学

华南农业大学学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.837
ISSN：1001-411X
年,卷(期)：2020.41(3)
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