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基于转录组测序的紫薇SSR特征分析

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以紫薇叶片为材料,通过Illumina Hiseq X Ten测序平台进行高通量测序,利用MISA软件分析转录组的SSR相关信息.结果表明:测序共获得31461条Unigene序列,总长度34408463 bp,其中有5617条Unigene序列含有SSR位点,共发现SSR位点6761个,出现频率为21.49％,平均分布距离为5.09 kb;主要的优势重复类型为二核苷酸重复和三核苷酸重复,分别占总SSR的44.95％和36.41％;AG/CT和A/T为SSR优势重复基元,出现频率分别为40.23％(2720个)和16.57％(1120个).分析表明,紫薇转录组中SSR类型丰富、位点出现频率高、多态性潜力高,在紫薇种质遗传多样性研究、品种鉴定、杂种鉴定等方面具有应用价值.
Analysis of SSR Characteristics of Lagerstroemia indica Based on Transcriptome Sequencing

秦波、韦广绥、覃杰、孙开道、秦赐梅、刘昊、黄欣

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广西壮族自治区林业科学研究院,广西 南宁 530002

广西壮族自治区国有高峰林场,广西 南宁 530025

广西壮族自治区国有黄冕林场,广西 柳州 545600

紫薇 转录组 SSR

广西壮族自治区林业科学研究院基本科研业务费专项广西特色经济林培育与利用重点实验室自主课题广西特色经济林培育与利用重点实验室自主课题

林科202110号JA-22-01-04JA-20-01-03

2023

10.16498/j.cnki.hnnykx.2023.004.001

湖南农业科学
湖南省农业科学院 湖南省科技厅星火促进会 湖南农业大学

湖南农业科学

影响因子：0.415
ISSN：1006-060X
年,卷(期)：2023.(4)
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