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宏基因组测序在腹泻暴发调查中的应用

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目的 评价宏基因组测序技术在腹泻暴发中的潜在应用价值.方法 收集2017年报告的2例聚集性腹泻暴发事件的样品,针对样品进行多重荧光PCR检测;同时,应用宏基因组测序技术对样品进行测序,基于测序数据分析暴发事件的病原体.结果 案例1采用多重荧光PCR检测,仅检测到副溶血弧菌;而采用宏基因组测序技术除检测到副溶血弧菌外,还检测到更高丰度的沙门菌.案例2采用多重荧光PCR未检测到病原体的样品,采用宏基因组测序技术检测到了志贺菌.结论 宏基因组测序不需先验知识进行预判,可以避免引入误判,更有利于发现混合感染,而且在保证足够测序深度的情况下,可以获得比荧光PCR法更高的检测灵敏度.
Application of metagenome sequencing in investigation of diarrhea outbreak

崔志刚、遇晓杰、赵嘉咏、张剑峰、周海健、李臻鹏、阚飙、卢昕

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中国疾病预防控制中心传染病预防控制所,传染病预防控制国家重点实验室,北京102206

黑龙江省疾病预防控制中心,黑龙江哈尔滨150030

河南省疾病预防控制中心,河南郑州 450016

宏基因组测序 腹泻 暴发

2018ZX10714002

2021

10.3784/jbjc.202104060171

疾病监测
中国疾病预防控制中心

疾病监测

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.567
ISSN：1003-9961
年,卷(期)：2021.36(6)
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