为充分利用Indel分子标记技术，建立新疆色素辣椒杂交种室内纯度快速鉴定体系，为后续的群体构建、QTL定位、杂交子代遗传多样性分析等相关研究提供依据，提高育种效率。利用251对Indel引物对10个品种的父母本共11个杂交组合的F1杂交代共96份材料的基因组DNA进行PCR扩增，寻找有扩增差异的引物，并对F1杂交代进行鉴定。结果表明，最终检测出33对特异性引物能扩增出清晰的差异条带，其中12对引物能够区别10个父母木材料及其F，代，最终在11个杂交组合86份子代中，检测出真杂交种67份，杂交成功率达77。9％。Indel分子标记技术在对新疆色素辣椒杂交种纯度鉴定中具有快速、准确等优点，在后续种质资源创新及育种工作中具有一定的应用价值。
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