随着各种跨界流域生态环境问题不断显现，并开始突破原有流域管理体制的组织边界，推进流域生态环境整体性治理已成为流域生态文明体制改革的新趋向。整体性治理理论以协调机制、整合机制和信任机制为关键性功能要素，合作提供无缝隙的公共服务。虽然河长制凸显了整体性治理理论的应用价值，但只是过渡性中间环节，结构性治理问题集中表现为治理层级、治理功能、治理信息和公私部门关系的碎片化。明晰流域治理层级责权分摊、加强跨区域跨部门协调整合、打通流域府际治理信息壁垒以及拓宽流域公私信任合作治理，是生态环境善治的实现路径，可有效减少流域治理网络组织间信息、认知、管理、决策等行为的执行和监督成本。
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