今日湖北(下旬刊)2015，Issue(11) ：57.

关于DNA序列的k-mer index问题的讨论

张琴 朱颖莉
今日湖北(下旬刊)2015，Issue(11) ：57.
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关于DNA序列的k-mer index问题的讨论

张琴 1朱颖莉2
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作者信息

  • 1. 吉林建筑大学基础科学部
  • 2. 长春市第二实验中学
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摘要

本文研究了DNA序列的k-mer index问题,通过对大量基因组数据的考察,我们改进了由暴力算法延伸的Donald Knuth的算法,即KMP算法,在原来的算法上我们嵌入了一个循环算法,并且使用j ava设计出算法程序来达到快速检索的目的,并将数据以数组形式存储,再将数组在二维坐标系里投影,再利用信息熵的计算将问题简化成关于K值和fm的函数问题.

关键词

k-mer/k-mer计数/频次统计/逆向遍历

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出版年

2015
今日湖北(下旬刊)
湖北省新闻工作者协会

今日湖北(下旬刊)

影响因子：0.016
ISSN：1008-5807
被引量1
参考文献量2
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