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基于长读数和重比对的倒位变异检测方法

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结构变异检测是基因组大数据分析的一项重要任务,其中倒位变异是一种常见的结构变异,并往往与多种严重的疾病相关联,因此获取准确的倒位变异发生位置是一项具有重要研究意义的工作.提出了一种基于长读数和重比对的倒位变异检测方法,首先在长读数和基因组参考序列比对结果中提取每条长读数被剪切掉的序列;然后将剪切序列重新比对到基因组参考序列上,基于原始的比对信息和剪切序列的比对信息确定倒位变异信号;最后,对倒位变异信号进行聚类确定倒位变异发生的位置.该方法与较常见的其他两种倒位变异检测方法在两组数据集上进行了性能比较,实验结果表明该方法能取得更令人满意的检测结果.
Inversion variation detection method based on long reads and realignment

罗军伟、杜彩云、霍占强

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河南理工大学 计算机科学与技术学院,河南 焦作454003

长读数 剪切读数 聚类 倒位变异 结构变异

国家自然科学基金面上项目国家自然科学基金青年项目河南省科技攻关项目河南理工大博士基金

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2021

10.19734/j.issn.1001-3695.2020.10.0380

计算机应用研究
四川省电子计算机应用研究中心

计算机应用研究

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.93
ISSN：1001-3695
年,卷(期)：2021.38(7)
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