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基于转录组的大头金蝇密码子的偏好性分析

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使用Codon W软件分析大头金蝇[Chrysomya megacephala(Fabricius,1794)]转录组10 923条全长转录序列的密码子偏好性.结果 表明,大头金蝇转录组中的AT含量(61.81％)远大于GC含量(38.19％);PR2(parity rule 2,即密码子偏好性)绘图结果显示,密码子第3位碱基A的使用频率大于碱基T,碱基G的使用频率大于碱基C;中性绘图结果显示,该序列密码子的使用更多地受到选择压力的影响;有效密码子数(effective number of codons,简称ENC)在25.17 ～61.00个之间,均值为43.16个;密码子适应指数(codon adaptation index,简称CAI)在0.099～ 0.554之间,均值为0.215 8.结果 共筛选出29个同义密码子相对使用度(relative synonymous codon usage,简称RSCU)＞1的密码子和28个最优密码子.

张玉波、周正湘、吴小玉、张斌

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安顺学院农学院,贵州安顺561000

贵州省昆虫信息系统与资源开发利用重点实验,贵州安顺561000

内蒙古师范大学生命科学与技术学院,内蒙古呼和浩特010022

大头金蝇 转录组 密码子偏好性 同义密码子

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黔教合KY字[2014] 271黔教合人才团队字[2015]71黔科合LH字[2014]7503NJZZ17041

2019

江苏农业科学
江苏省农业科学院

江苏农业科学

CSTPCD
影响因子：0.732
ISSN：1002-1302
年,卷(期)：2019.47(11)
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