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辣椒基因组密码子使用偏性分析

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为揭示辣椒基因组密码子偏性形成的影响因素,了解密码子偏性对基因表达的影响,以辣椒基因组和转录组数据为研究内容,利用CodonW和EMBOSS等软件对基因组密码子使用偏性进行分析.分析结果显示,辣椒编码基因平均GC含量为42.27％,偏好A/T作为密码子的第3位核苷酸,基因平均ENC值偏大;GC3与GC12相关性较弱,大部分基因远离ENC-plot曲线,近50％的基因ENC比值分布在GC3s的0.05～0.15组中;发现21个最优密码子,均以T、A或G结尾,大部分最优密码子在组织器官表达数据中得到验证.表明辣椒基因密码子使用偏性较低,除碱基突变外,较多地受到物种进化和人工选择等因素的影响.研究结果可为辣椒的分子进化和遗传育种研究提供理论依据.

刘潮、韩利红、吴丽芳、代小波、刘婕

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云南曲靖师范学院生物资源与食品工程学院/云南省高校特色果酒技术创新与应用工程研究中心,云南曲靖655011

辣椒 基因组 最优密码子 基因表达

国家自然科学基金国家自然科学基金云南省地方本科高校基础研究联合专项

3206071031860005202001 BA070001-017

2022

10.15889/j.issn.1002-1302.2022.05.003

江苏农业科学
江苏省农业科学院

江苏农业科学

CSTPCD北大核心
影响因子：0.732
ISSN：1002-1302
年,卷(期)：2022.50(5)
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