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古老月季叶绿体基因组密码子分析

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我国古老月季月月粉具有连续开花、重瓣和标志性茶香等优良性状,是重要的育种材料.为明确月月粉叶绿体基因组密码子的特点,从NCBI网站获得了完整的叶绿体基因组信息,并对所有基因的密码子使用偏性进行计算分析.结果表明,月月粉叶绿体包含53个基因,1～3位密码子GC含量平均值分别为47.08％、39.54％、29.14％,绝大多数密码子前2位的GC含量较高.编码区有效密码子数平均值为46.86,表明其偏性较弱.相关性分析显示密码子第3位与前2位存在明显差异,可能对密码子使用偏性具有关键作用.29个RSCU＞1的密码子中以A、U结尾的有28个.中性绘图分析表明,GC12与GC3间相关系数为0.088,相关性不显著,ENC-plot分析、PR2-plot分析结果表明自然选择在月月粉叶绿体基因组密码子使用模式中起决定性作用,并筛选到16个最优密码子.结果可为月季遗传转化过程中提高外源基因的表达提供有用信息.

程培蕾、严陶韬、高静瑶、张彤钰

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苏州农业职业技术学院,江苏苏州 215008

月季 叶绿体基因组 密码子偏好性 最优密码子

江苏省高等学校基础科学(自然科学)研究面上项目江苏省种业振兴"揭榜挂帅"项目江苏省林业科技创新与推广项目苏州农业职业技术学院博士提升计划科研启动基金

21KJB210006JBGS2021091LYKJ202102BS2103

2023

10.15889/j.issn.1002-1302.2023.17.005

江苏农业科学
江苏省农业科学院

江苏农业科学

CSTPCD北大核心
影响因子：0.732
ISSN：1002-1302
年,卷(期)：2023.51(17)
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