首页|柔毛郁金香叶绿体基因组密码子偏好性分析

柔毛郁金香叶绿体基因组密码子偏好性分析

扫码查看
原文链接
  • NETL
  • NSTL
  • 万方数据
  • 维普
阐明柔毛郁金香(Tulipa buhseana)叶绿体基因组密码子使用模式,丰富野生郁金香种质资源的遗传背景信息.以柔毛郁金香的53条蛋白编码序列(CDS)为研究对象,结合Codon W、EMBOSS在线软件及R语言,计算密码子数量、有效密码子数、GC含量,并通过中性绘图分析、PR2-plot分析、ENC-plot分析的多元统计,对密码子使用偏好模式进行预测并筛选最优密码子.柔毛郁金香叶绿体基因组53条CDS的平均GC含量为37.21％,不同位置的GC含量为GC1(45.5％)＞GC2(37.85％)＞GC3(28.27％),表明柔毛郁金香叶绿体基因组的密码子第3位碱基组成多为A和T.多元统计分析表明,柔毛郁金香叶绿体基因组的密码子偏好性主要受自然选择的影响,并筛选到17个最优密码子同时满足高频率密码子和高表达优越密码子的条件.柔毛郁金香叶绿体基因组的密码子偏性较弱,均以A或U结尾,自然选择是影响密码子偏性的主要因素.研究结果可为后续开展郁金香叶绿体基因工程、野生郁金香种群演化及系统分类以及发育研究奠定基础.

秦斗文、徐庭亮、闫京艳、巨秀婷

展开 >

青海大学农牧学院/青海省园林植物与观赏园艺重点实验室,青海西宁 810016

柔毛郁金香 叶绿体基因组 密码子偏好性 最优密码子

中国科学院"西部之光"项目青海省"昆仑英才"科技领军人才培养项目

中科人字20224号青人才字20221号

2023

10.15889/j.issn.1002-1302.2023.22.006

江苏农业科学
江苏省农业科学院

江苏农业科学

CSTPCD北大核心
影响因子：0.732
ISSN：1002-1302
年,卷(期)：2023.51(22)
  • 1
  • 17