江苏农业科学2024,Vol.52Issue(1) :41-48.DOI:10.15889/j.issn.1002-1302.2024.01.006

石榴TCP基因家族的生物信息学与表达分析

李晓静 李圣龙 岳亮亮
江苏农业科学2024,Vol.52Issue(1) :41-48.DOI:10.15889/j.issn.1002-1302.2024.01.006

石榴TCP基因家族的生物信息学与表达分析

李晓静 1李圣龙 1岳亮亮2
扫码查看

作者信息

  • 1. 红河学院生物科学与农学学院/云南省高校滇南特色生物资源研究与利用重点实验室,云南蒙自 661100
  • 2. 西南林业大学高原湿地中心,云南昆明 650224
  • 折叠

摘要

TCP是植物特有转录因子家族之一,参与植物的叶发育、花发育、分枝发育、芽的休眠、果实的成熟及花色苷的生物合成等生长发育过程.本研究以石榴基因组数据和转录组数据为材料,分析了石榴TCP基因家族成员的理化性质、系统进化关系、保守结构域、基因结构和表达情况.结果表明,石榴基因组有22个TCP基因,TCP蛋白氨基酸长度在221~644 aa之间,蛋白分子量为23.23~70.76 ku.石榴 TCP基因可分为Class Ⅰ(PCF)和Class Ⅱ(CYC/TB1和CIN)两大类.大多数PgTCP基因无内含子.CIN亚族成员PgTCP1、PgTCP3、PgTCP4、PgTCP5含有miR319调控位点.PgTCP1和PgTCP3在叶片中表达量高,PgTCP1和PgTCP14在花中表达量高.PgTCP22在果皮发育中表达量降低,PgTCP2和PgTCP5在外种皮发育中表达量降低.该研究结果可为石榴TCP家族基因功能研究,探索TCP调控石榴果实发育及品质形成提供参考,为石榴的分子育种提供科学依据.

关键词

石榴/TCP转录因子/基因家族分析/基因表达/生物信息学

引用本文复制引用

基金项目

国家自然科学地区基金(42161015)

云南省教育厅科学研究基金(2023J1115)

出版年

2024
江苏农业科学
江苏省农业科学院

江苏农业科学

CSTPCD北大核心
影响因子:0.732
ISSN:1002-1302
被引量1
参考文献量33
段落导航相关论文