基于GEO数据库分析水稻低温胁迫关键基因

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万方数据
维普

中文摘要：为了筛选水稻在低温胁迫下的关键基因，从GEO数据库下载水稻4个数据集中的70个样本。利用在线分析程序GEO2R进行共同差异表达基因分析，并对这些差异表达基因进行GO、KEGG分析，构建蛋白质互作网络，对关键基因构建热图。结果表明，获得共同差异表达基因51个，其中上调表达基因1个，下调表达基因50个。上述基因的GO分析结果表明，其细胞组成主要集中在细胞、细胞要素和细胞器上;在分子功能上，上述基因的功能主要集中在结合、催化活性上;在生物过程中，上述基因的功能主要集中在细胞过程、代谢过程和生物调控上。KEGG信号通路分析结果表明，上述基因主要参与植物激素信号转导等通路。在构建的共同差异表达基因的蛋白质网络中，有29个节点。另外，得到10个关键基因、2个关键子网络。研究结果为进一步研究水稻低温胁迫关键基因奠定了基础，也有利于水稻低温育种。

作者：

阮先乐

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作者单位：

周口师范学院生命科学与农学学院,河南周口 466001

关键词：

水稻 GEO数据库低温胁迫共同差异表达基因 GO功能分析 KEGG信号通路分析

出版年：

2024

DOI：

10.15889/j.issn.1002-1302.2024.03.009

江苏农业科学