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硬头黄竹叶绿体基因组密码子偏好性分析

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以硬头黄竹叶绿体基因组为研究对象，使用CodonW、CUSP以及R语言等软件分析密码子偏好性形成的主要原因。结果表明:(1)硬头黄竹叶绿体基因组密码子的平均GC含量为39。59％，且GC1＞GC2＞GC3，表明密码子偏好使用以A/U结尾的碱基;(2)硬头黄竹大多数有效密码子数(ENC)在35以上，适应指数(CAI)为0。166，说明其密码子偏好性较弱;(3)中性绘图分析、ENC-plot和PR2-plot分析表明，自然选择对硬头黄竹叶绿体基因组密码子使用偏好性产生重要影响;(4)最终筛选出硬头黄竹叶绿体基因组有GCA、GCU、GAU、GGU及AAA等14个最优密码子，多数以A/U结尾。本研究结果可为硬头黄竹叶绿体基因组水平上的研究提供依据。

龚明贵、白娜、李影、姜霞

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河南科技大学食品与生物工程学院,河南洛阳 471023

贵州省林业科学研究院,贵州贵阳 550005

贵州黎平石漠生态系统国家定位观测研究站,贵州贵阳 550005

硬头黄竹 密码子偏好性 叶绿体基因组 最优密码子

贵州省林业局项目国家自然科学基金

黔林科合[2019]06号31860178

2024

10.15889/j.issn.1002-1302.2024.03.010

江苏农业科学
江苏省农业科学院

江苏农业科学

CSTPCD北大核心
影响因子：0.732
ISSN：1002-1302
年,卷(期)：2024.52(3)
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