摘要
为了对红花Aux/IAA基因家族进行生物信息学分析,研究该基因在红花生长发育中的调控作用,利用生物信息学方法,在红花全基因组中鉴定出28个Aux/IAA基因.根据其与拟南芥Aux/IAA基因的系统发育关系,使用MEGA 7.0做出系统发育进化树.经理化性质分析,红花Aux/IAA蛋白为亲水性蛋白,且79％位于细胞核中,大多数红花Aux/IAA蛋白表现为偏酸性;经聚类分析,将红花Aux/IAA基因分为5个亚族.基因结构分析表明,所有基因均含有1～9个内含子.这些基因在红花的9条染色体上非均匀地分布,其中9号染色体上分布最多,有7个Aux/IAA基因.红花Aux/IA4基因在不同发育期及不同外源激素处理下表达量各不相同.对保守基序作图分析发现,大部分红花Aux/IAA蛋白具有4个共同的保守基序,分别为motif 1、motif 2、motif 3、motif 4,qRT-PCR结果表明,不同浓度盐胁迫处理24 h后,基因CtAux/IAA1相对表达量呈上调趋势,推测此基因可能与提高红花抗盐胁迫能力有关.本研究结果将有助于了解红花Aux/IAA基因家族在生长发育过程中的功能并筛选优良基因.
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