全基因组关联分析(genome-wide association analysis，GWAS)是一种基于连锁不平衡理论的成本低、精度高的基因分型方法，用于影响复杂性状的基因或基因组区域定位。随着果树各树种基因组的陆续公布，近年来GWAS在果树研究中得到广泛应用。本文介绍了 GWAS的基本原理和影响因素，综述了 GWAS在仁果类、核果类、柑橘类、浆果类和其他经济类果树中的研究进展，关联性状主要集中在果实品质性状评估(风味、香气、质地、果实外观、色泽、单果重等)和抗性基因鉴定(苹果褐斑病、李痘病毒、褐腐病、草莓枯萎病、葡萄裂果等)等方面，梳理了利用结构变异、转座子开展关联分析的研究报道，基于GWAS+TWAS等衍生应用在作物中的研究进展分析了对果树相关研究的借鉴和参考意义，最后归纳了果树GWAS研究的不足，并提出未来研究方向和建议。
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