为探究在病原刺激情况下克氏原螯虾(Procambarus clarkii)的转录组信息,采用PacBio平台的单分子实时测序技术(SMRT),对使用弧菌刺激下的克氏原螯虾的血淋巴、肝胰腺、鳃、肠、淋巴器官和肌肉的混合组织样进行全长转录组测序,获得克氏原螯虾的全长转录本文库.首先,使用TRIzol法提取总RNA合成双链cDNA用于SMRTbell建库和测序,利用SMRT分析套件进行插入片段识别,Reads分类、聚类和校正,利用BUSCO单拷贝同源数据库对其进行组装的完整性评价,通过使用CD-HIT软件,将序列进行去冗余分析,最后利用公共数据库NR、NT、SwissProt、KOG、GO、Pfam及KEGG对克氏原螯虾转录本进行功能注释.全长转录组得到改良后一致序列149 213个,序列平均长度为2 213 bp.BUSCO单拷贝同源数据库完整性评价,约有95.8％完整基因元件,说明大多数保守基因组装较完整,组装结果较可靠.在NR数据库注释得到110 181条序列,分别比对到1 373个物种,其中与美洲海螯虾(Homarus americanus)基因相似的序列最多,为48 433条.与GO数据库进行匹配,统计注释到结合和催化活性功能最多,分别为14 327和13 344个.KOG功能注释分为25个功能组分,其中,一般功能预测最多,为20 269个.KEGG注释结果发现,信号转导的代谢通路注释的基因数最多,为12 277个.本研究过程中组装并获得完整良好的序列,与功能数据库比对得出序列的功能特性,可为探究克氏原螯虾的功能基因、免疫响应和相关代谢通路等提供可靠的基因组资源.
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