高海拔地区畜牧业发展迅速,牲畜粪污排放日渐增多,对当地的生态环境有较大的威胁.因高海拔地区独特的地理环境和气候特点,如海拔高、气候寒冷和昼夜温差大等,导致高海拔地区粪污的资源化利用较难实现.因此,高海拔地区选择适宜当地条件的粪污处理模式是粪污的资源化利用关键.本研究将复合微生物添加至粪污混合物,再应用智能化膜系统的堆肥方式,以期揭示复合微生物及智能化膜对牛粪资源化利用的效率及相关耐药基因的影响.结果表明,应用复合微生物的智能化膜堆肥发酵后明显提高牛粪有效钾含量.此外,16S测序结果表明,与当地的存储牛粪(NF)、土壤(LL)和新鲜牦牛粪(MN)相比,堆肥发酵后牛粪中噬几丁质菌、鞘氨醇杆菌等的丰度明显上调,而不动杆菌、金黄杆菌和波波杆菌等出现明显下调.16S基因组检测结果表明,堆肥发酵后抗生素的耐药性明显下降,qPCR结果证实,其中喹诺酮类耐药基因qnrD和qnrS,四环素类耐药基因tetW出现明显下调.气相色谱-质谱联用检测结果表明,复合微生物的智能化膜堆肥发酵后明显提高,5-羟戊二酸、D-阿尔法氨基丁酸、磷脂酰乙醇胺和卵磷脂等的含量.本研究结果为高海拔牛粪资源化利用推进和资源化利用过程中控制耐药性基因ARG传播提供了依据.