金钗石斛AP2/ERF基因家族的鉴定和表达分析

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中文摘要：对金钗石斛AP2/ERF转录因子基因家族在全基因组上进行鉴定及生物信息学分析，为进一步阐明金钗石斛AP2/ERF转录因子的功能研究奠定理论基础。利用BLASTP比对金钗石斛蛋白，并通过在线网站NCBI CDD、InterPro和SMART进一步鉴定，共获得97个金钗石斛AP2/ERF基因，然后通过ProtParam分析金钗石斛AP2/ERF家族蛋白的理化性质、亲疏水性，使用MEGA11。0软件构建进化树，利用Map Gene Chrome、GSDS、MEME、PlantCARE在线工具分析AP2/ERF转录因子的基因定位、基因结构和保守基序，并预测基因上游的顺式作用元件，利用TBTools分析并可视化AP2/ERF基因在各部位的表达情况。结果表明，金钗石斛AP2/ERF转录因子家族的成员，大部分定位在细胞核中，相对分子质量介于2 726。88～71 682。81 u之间，氨基酸数量介于94～659个之间，等电点介于4。45～10。44之间。进化树分析显示，AP2/ERF家族成员分为AP2、RAV、ERF及DREB 4个亚家族。97条基因不均匀地分布在19条染色体上，各个亚族都有独特基序，AP2/ERF基因启动子上游区域光响应作用元件种类最多，数量也最多。大多数DnAP2s基因在根中的表达量最大，不同的居群DnAP2s基因表达有较大不同。鉴定得到97个金钗石斛AP2/ERF蛋白，DnAP2s基因在根茎叶花中表达具有差异性，地理分布导致不同居群的遗传多样性水平不同。

作者：

于相丽、刘雅银、李勇慧、周晓君

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作者单位：

洛阳师范学院生命科学学院,河南洛阳 471022

西北师范大学生命科学学院,甘肃兰州 730070

关键词：

金钗石斛 AP2/ERF基因家族生物信息学表达分析

基金：

国家自然科学基金

项目编号：

31870697

出版年：

2024

DOI：

10.15889/j.issn.1002-1302.2024.17.006

江苏农业科学

江苏省农业科学院

江苏农业科学

CSTPCD北大核心

影响因子：0.732

ISSN：1002-1302

年,卷(期)：2024.52(17)