菊花脑WRKY基因家族生物信息学分析及其对低温胁迫的响应特征

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中文摘要：WRKY作为植物中最大的转录因子家族之一，参与植株生长过程中的各个环节，响应各种胁迫。为了探究菊花脑WRKY基因家族的进化和功能，基于已发表的RNA-Seq数据库分析了 CnWRKY在低温胁迫响应中的表达情况，用Hmmer、NCBI-CDD软件和Pfam数据库得到目标基因，再用TBtools软件分析蛋白质的理化性质，绘制进化树，用MEME、PlantCARE分析该转录因子的保守基序、顺式作用元件。用Hisat2、featureCounts、Trinity软件进行菊花脑WRKY基因的组织表达分析，再用DESeq2、edgeR包进行相对基因表达量的比较。结果显示:CnWRKY家族有72个成员，菊花脑WRKY家族基因的外显子、内含子数量较多，CnWRKY基因上游启动子区域存在丰富的顺式作用元件，如节律控制、低温响应以及和植物生长发育有关的调控元件，部分菊花脑WRKYs基因在叶、茎、花蕾、管状花、舌状花中的表达具有组织特异性，多数在茎、叶中的表达程度较明显。CnWRKYs在不同低温处理下的表达量也有明显特异性。与-5 ℃ 1 h、-5 ℃ 2 h短期低温处理相比，CnWRKYs在4 ℃ 1周，再于-5 ℃ 1 h、-5 ℃ 2h的长期低温处理下有显著表达(P＜0。05)，其中CnWRKY55、CnWRKY63、CnWRKY38、CnWRKY31呈现显著下调表达，推测这些基因在菊花脑抵御冷处理的过程中有关键作用。

作者：

何思晓、曾长立、薛天源、鲁金春子、夏忙、陈敬东、董元火、戴希刚

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作者单位：

江汉大学生命科学学院/湖北省汉江流域特色生物资源保护开发与利用工程技术研究中心,湖北武汉 430056

关键词：

菊花脑 WRKY RNA-Seq 低温胁迫表达分析

出版年：

2024

DOI：

10.15889/j.issn.1002-1302.2024.21.006

江苏农业科学

江苏省农业科学院

江苏农业科学

CSTPCD北大核心

影响因子：0.732

ISSN：1002-1302

年,卷(期)：2024.52(21)