摘要
WRKY作为植物中最大的转录因子家族之一,参与植株生长过程中的各个环节,响应各种胁迫.为了探究菊花脑WRKY基因家族的进化和功能,基于已发表的RNA-Seq数据库分析了 CnWRKY在低温胁迫响应中的表达情况,用Hmmer、NCBI-CDD软件和Pfam数据库得到目标基因,再用TBtools软件分析蛋白质的理化性质,绘制进化树,用MEME、PlantCARE分析该转录因子的保守基序、顺式作用元件.用Hisat2、featureCounts、Trinity软件进行菊花脑WRKY基因的组织表达分析,再用DESeq2、edgeR包进行相对基因表达量的比较.结果显示:CnWRKY家族有72个成员,菊花脑WRKY家族基因的外显子、内含子数量较多,CnWRKY基因上游启动子区域存在丰富的顺式作用元件,如节律控制、低温响应以及和植物生长发育有关的调控元件,部分菊花脑WRKYs基因在叶、茎、花蕾、管状花、舌状花中的表达具有组织特异性,多数在茎、叶中的表达程度较明显.CnWRKYs在不同低温处理下的表达量也有明显特异性.与-5 ℃ 1 h、-5 ℃ 2 h短期低温处理相比,CnWRKYs在4 ℃ 1周,再于-5 ℃ 1 h、-5 ℃ 2h的长期低温处理下有显著表达(P＜0.05),其中CnWRKY55、CnWRKY63、CnWRKY38、CnWRKY31呈现显著下调表达,推测这些基因在菊花脑抵御冷处理的过程中有关键作用.
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