万寿菊(Tagetes erecta)是国内外广泛栽植的一年生草本花卉,具有重要的观赏、药用和经济价值.基于转录组测序结果挖掘万寿菊简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点信息,并对万寿菊属的2个品种、24个品系进行遗传多样性分析和聚类分析.结果表明,转录组测序共挖掘到10 182个SSR位点,出现频率为16.07％,平均6.15 kb出现1个SSR位点.SSR位点共出现259种基序重复类型,其中三核苷酸是主要重复类型(48.51％),其次是二核苷酸(27.05％),二核苷酸、三核苷酸的优势重复基元分别为AG/CT(37.22％)、ATC/ATG(28.63％).筛选出10个多态性位点用于万寿菊资源的遗传多样性分析,平均期望杂合度(He)、多态性信息含量(PIC)分别为0.361、0.364.26份万寿菊材料的平均Shannon息指数(I)、期望杂合度(He)分别为0.642、0.475,遗传距离介于0.027～0.913之间,表明供试材料的遗传多样性较丰富.非加权配对算数平均法(UPGMA)聚类分析结果表明,26份万寿菊材料在相似系数0.69处可分为两大类,其中花色相同的万寿菊属品种(系)聚为一类.综上,万寿菊转录组中SSR的出现频率较高、类型丰富、多态性高,为万寿菊种质资源鉴别与利用、遗传图谱构建和分子标记辅助选择等提供了备用分子标记,研究结果为今后万寿菊核心种质的选择、新品种的选育奠定了理论基础.
万方数据
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