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基于转录组序列的万寿菊SSR标记开发及应用

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万寿菊(Tagetes erecta)是国内外广泛栽植的一年生草本花卉，具有重要的观赏、药用和经济价值。基于转录组测序结果挖掘万寿菊简单重复序列(simple sequence repeat，SSR)位点信息，并对万寿菊属的2个品种、24个品系进行遗传多样性分析和聚类分析。结果表明，转录组测序共挖掘到10 182个SSR位点，出现频率为16。07％，平均6。15 kb出现1个SSR位点。SSR位点共出现259种基序重复类型，其中三核苷酸是主要重复类型(48。51％)，其次是二核苷酸(27。05％)，二核苷酸、三核苷酸的优势重复基元分别为AG/CT(37。22％)、ATC/ATG(28。63％)。筛选出10个多态性位点用于万寿菊资源的遗传多样性分析，平均期望杂合度(He)、多态性信息含量(PIC)分别为0。361、0。364。26份万寿菊材料的平均Shannon息指数(I)、期望杂合度(He)分别为0。642、0。475，遗传距离介于0。027～0。913之间，表明供试材料的遗传多样性较丰富。非加权配对算数平均法(UPGMA)聚类分析结果表明，26份万寿菊材料在相似系数0。69处可分为两大类，其中花色相同的万寿菊属品种(系)聚为一类。综上，万寿菊转录组中SSR的出现频率较高、类型丰富、多态性高，为万寿菊种质资源鉴别与利用、遗传图谱构建和分子标记辅助选择等提供了备用分子标记，研究结果为今后万寿菊核心种质的选择、新品种的选育奠定了理论基础。

郭俊伟、马雪璟、陈利文、唐道城、唐楠

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青海大学高原花卉研究中心/青海省园林植物与观赏园艺重点实验室,青海西宁 810016

万寿菊 简单重复序列(SSR) 多态性引物 遗传多样性

2024

10.15889/j.issn.1002-1302.2024.22.004

江苏农业科学
江苏省农业科学院

江苏农业科学

CSTPCD北大核心
影响因子：0.732
ISSN：1002-1302
年,卷(期)：2024.52(22)