目的:分析新疆基层传染病应急小分队(简称基层分队)建设现状,为后期基层分队的发展提供合理建议,以进一步推动基层传染病防控队伍建设,提升基层卫生传染病防控能力.方法:采用文献分析法与问卷调查法相结合的方式进行现况调查,并进行描述性分析.结果:参与调查的基层分队共523人,其中市级基层分队213人(40.73%)、县(区)级基层分队310人(59.27%).市级基层分队队员的高级职称比例高于县(区)级基层分队(P<0.05);县(区)级基层分队队员参与过传染病应急处置工作比例高于市级基层分队(P<0.05);市、县(区)级基层分队应急能力均处于中等水平,其中市级基层分队在传染病应急组织体系建设、应急队伍建设、监测预警、应急事件处置、应急物资与保障能力方面得分较高(P<0.05);市、县(区)级基层分队应急能力得分率较高的二级指标中均包含预警预测和应急预案,得分率较低的二级指标均为人员保障、组织机构、应急处置能力.结论:新疆市、县(区)级基层分队间应急能力有明显差异,基层分队队员的职称、学历以及专业的构成结构需进一步优化.建议加强基层队伍长效保障机制的建设、强化卫生应急培训演练的能力;设置独立的卫生应急管理部门,并建立相关考核评价机制.