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双孢蘑菇基因组密码子的偏好性分析

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双孢蘑菇Agaricus bisporus是世界上最广泛栽培的食用菌之一.本研究通过分析双孢蘑菇基因组密码子使用偏性,探讨密码子偏性的影响因素及其对基因表达的影响.以双孢蘑菇基因组和转录组数据为依据,分析了双孢蘑菇基因组基因、高表达基因(high expression gene,HEG)和低表达基因(low expression gene,LEG)的密码子使用性.发现双孢蘑菇基因组编码基因平均GC含量为49.08％,T3s值(35.59％)最高,平均ENC值偏高,多数基因表达潜力较低.共鉴定出14个最优密码子,均以C或T结尾,并且遵循密码子中嘌呤和嘧啶使用的均衡性原则.高表达基因具有更强的密码子偏性,进化过程中受到基因突变和自然选择等多种因素影响.基因表达与G/C碱基含量和CAI值呈极显著正相关.高表达基因编码了多种与真菌生长发育相关的蛋白和酶类.研究结果明确了双孢蘑菇基因密码子的使用偏性,为双孢蘑菇转基因育种和品质改良提供了参考.
Codon usage bias analysis of the genome-wide genes encoded in Agaricus bisporus

韩利红、代冬琴、赵明玉、刘潮

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曲靖师范学院生物资源与食品工程学院云南高原生物资源保护与利用研究中心 云南 曲靖655011

双孢蘑菇 基因组 密码子偏性 最优密码子 基因表达

3186000532060710202001BA070001-002

2021

10.13346/j.mycosystema.200268

菌物学报
中科院微生物研究所 中国菌物学会

菌物学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.187
ISSN：1672-6472
年,卷(期)：2021.40(3)
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