竹黄Shiraia bambusicola是一种重要的药用子囊菌,对其分类归属一直存在不同处理意见,主要原因在于形态分类学难以解释其不同的特征表现.为了对竹黄的分类地位做出更接近自然亲缘关系的解释,本研究以自测的S.bambusicolaS4201菌株基因组为基础,结合Genome Warehouse(GWH)数据库中公布的S.bambusicola GZAAS2.1243菌株和GenBank数据库中公布的Shiraia sp.slf14菌株的基因组数据,选取nrSSU、nrLSU、tef-1α和rbp2 4段序列联合分析,与国际真菌生命之树计划(Assembling The Fungal Tree of Life,AFTOL)中的74种子囊菌比较,进行目级归属的系统发育分析;选择ITS、nrLSU和tub2 3段序列联合分析,与GenBank数据库中格孢腔菌目Pleosporales的30种真菌比较,进行科级归属的系统发育分析.分别采用最大似然法(maximum likelihood,ML)和贝叶斯推断法(Bayesian inference,BI)构建系统发育树,结果支持了单独建立竹黄科的分类处理,且竹黄科应归于格孢腔菌目,竹黄属中可能有隐存种.
Taxonomic clarification of Shiraia bambusicola based on multigene phylogenetic analysis
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