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一种可直接用于PCR扩增的聚合氯化铝提取土壤总DNA的方法

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为了研究湿地土壤微生物群落结构及其因时间和环境改变而产生的变化,找出与环境因子密切相关的微生物,有必要建立一种土壤微生物群落多样性代表全、提取率高的土壤总DNA提取方法.这有利于完成实验后,同一个土壤样品还留有足够的总DNA供多次使用,并可构建特定时空下的总DNA样品库,为科技水平更发达的未来留下一批不可再得的全息DNA样品.通过综合比较已报道的微生物总DNA提取方法的优缺点,设计出一种新的提取方案,关键步骤包括用焦磷酸钠溶解并洗脱样品的腐植酸;联合使用蛋白酶K-SDS-CTAB和热激裂解细胞;加入聚合氯化铝再次沉淀去除残存的腐植酸并同步去除蛋白.结果用聚合氯化铝提取土壤总DNA的方法所获得的DNA量明显高于常规试剂盒法,每个1.5 mL提取管可得到25.8～31 μgDNA;OD260nm/OD280nm比值达到或接近理想水平;OD260nm/OD230nm比值在0.55 ～0.73之间,说明还有盐污染,但可直接用于PCR扩增.通过实验和IlluminaMiSeq高通量测序应用验证,确立了一种土壤微生物群落多样性代表全、完整性好、提取率高、经济、安全、快捷的土壤总DNA提取方法,为今后的相关工作提供了一种技术手段.
One Polyaluminium Chloride-Based Method of Soil Total DNA Extraction for Direct PCR amplification

涂祖新、王小红、张莉莉、金平、郑国华

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江西省科学院微生物研究所,330096,南昌

江西省科学院鄱阳湖重点实验室,330096,南昌

江西省科学院科技战略研究所,330096,南昌

南昌水业集团南昌工贸有限公司,330025,南昌

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聚合氯化铝 腐植酸 DNA提取 PCR扩增 DNA样品库

国家863项目江西省科学院“省部共建鄱阳湖国家重点实验室培育基地”计划

赣科院字[2013]19号-9

2016

10.13990/j.issn1001-3679.2016.03.009

江西科学
江西省科学院

江西科学

影响因子：0.286
ISSN：1001-3679
年,卷(期)：2016.34(3)
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