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基于流式细胞术和基因组Survey的花榈木基因组大小及特征分析

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花榈木是重要的材用、药用及园林绿化树种,国家二级重点保护野生植物.由于基因组数据缺乏,导致花榈木基因资源开发和分子机制研究相对滞后.本研究通过流式细胞术和基因组Survey分析方法对花榈木基因组大小进行估测,获得花榈木基因组重复系列比例、基因组杂合度以及GC含量等信息.经流式细胞术测定,得知花榈木基因组大小约为3 Gb.对花榈木基因组测序数据采用K-mer 17进行分析,得到花榈木基因组大小为3.01 Gb,与前者所得结果基本一致;杂合率为1.04％,重复序列比例为82.23％.采用K-mer 41进行组装,得到的contig N50为656 bp,总长为1343713339 bp,scaffold N50为762 bp,总长为1364689951 bp.根据各信息分析,得知花榈木基因组为高复杂基因组,本研究结果可以为后续基因组组装相应策略提供参考.
Analysis of the size and characteristics of Ormosia henryi genome based on flow cytometry and Genome survey

夏诗琪、欧阳天林、温强、周成钏、楼浙辉、宋颖、刘丽婷

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江西省林业科学院,江西南昌330013

江西省林业科技实验中心,江西赣州341600

华南农业大学·林学与风景园林学院,广东广州510642

花榈木 基因组大小 流式细胞术 基因组调查分析

江西省林业科学院重大科研及成果推广专项江西省林业科学院重大科研及成果推广专项江西省林业科学院博士启动基金

201651120120175112012022522801

2022

10.16259/j.cnki.36-1342/s.2022.06.001

南方林业科学
江西省林业科学院,江西省林学会

南方林业科学

影响因子：0.56
ISSN：1006-2505
年,卷(期)：2022.50(6)
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