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甜荞根转录组SSR位点特征分析

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对甜荞根转录组的SSR位点进行了统计分析,并设计了引物.利用Misa软件在长度大于200 bp的55392条Transcripts中,共检索到3906个SSR位点,出现频率为1/1.709 kb.随着Transcripts长度的增加,含SSR序列的比例和SSR分布频率均增加.单、二和三核苷酸重复类型共占SSR位点总数的95.80％,其中单核苷酸重复数量最多,占48.13％;(A)n、(AG)n和(AAG)n分别是单、二和三核苷酸重复的优势基序,分别占47.51％、7.65％和9.49％.SSRs数量随着基序重复次数的增加而减少.10次(25.45％)、6次(15.34％)和5次(20.71％)重复的SSR数量最多.基于Krait v0.10.2软件共成功设计了1183对SSR引物,其中3对来自黄酮生物合成关键基因.
SSR Loci Characteristics of Root Transcriptome in Common Buckwheat

石桃雄、黎瑞源、黄娟、陈庆富、梁成刚

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贵州师范大学荞麦产业技术研究中心,贵州贵阳550001

贵州省信息与计算科学重点实验室,贵州贵阳550001

甜荞 根 转录组 SSR 特征

国家现代农业产业体系荞麦育种岗位科学家专项贵州省科技支撑项目贵州省荞麦种质资源保育及创新重点实验室建设基金

CARS-08-A4黔科合ZC[2019]2298黔教合KY[2017]002

2021

10.19386/j.cnki.jxnyxb.2021.08.001

江西农业学报
江西省农业科学院 江西省农学会

江西农业学报

CSTPCD
影响因子：0.632
ISSN：1001-8581
年,卷(期)：2021.33(8)
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