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木薯叶绿体基因组密码子偏好性分析

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利用Codon W等软件,对木薯叶绿体基因组55条蛋白编码序列的密码子进行了分析.发现木薯叶绿体基因组密码子的GC分布不均匀,平均含量为37.81％,其中GC1、GC2、GC3的含量分别为46.64％、39.19％和27.58％;GC3s的平均含量为24.46％,表明木薯叶绿体密码子中A或T的使用频率高于G和C.有效密码子数(ENC)的平均值为47.57,说明木薯叶绿体基因组密码子的偏好性较弱.中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析结果表明木薯叶绿体基因组密码子的使用偏好主要受选择的影响.RSCU>1的密码子共有30个,其中97％的密码子以A或T结尾,再次证明木薯偏爱使用以A或T结尾的密码子.筛选出最优密码子9个,分别是TTG、TCA、CCA、CAT、AAT、GAT、CGA、AGA、GGA.
Analysis of Codon Usage Bias in Chloroplast Genome of Cassava

赵英、付海天、金刚、徐钏、宋恩亮、罗燕春、莫永龙

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广西壮族自治区亚热带作物研究所,广西 南宁 530001

木薯 叶绿体基因组 密码子 使用偏好性 最优密码子

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2019YFD1001100桂农科2021YT149桂科AB16380163桂科AB21196071

2022

10.19386/j.cnki.jxnyxb.2022.04.008

江西农业学报
江西省农业科学院 江西省农学会

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CSTPCD
影响因子：0.632
ISSN：1001-8581
年,卷(期)：2022.34(4)
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