在新会计、新形势、新常态环境下,科研单位需要更加开放的环境.内部控制管理是科研院所建立交流合作渠道的保障,所以迫切需要规范内部控制,加强内部控制建设.有序规范的权力组织和有效科学的运行手段更有利于保障内部控制规范的实施.好的适应环境的内控制度是组织目标实现的长效保障机制,也是促进企业提高经营效率、实现发展战略的有效工具.本文对科研事业单位内控制度建设的必要性、科研事业单位内控制度存在的问题进行分析,并从其内部控制制度的原则、目标出发,提出有效的措施,尤其体现为对科研经费的有效管理和运用更加突出的需要,完善科研事业单位内控制度的对策.