当前,我国政府内部控制改革取得了良好的成绩,同时,财税体制改革也进入了新时期.在政府会计制度改革背景下,事业单位内部控制建设也需要同步进行调整,更好地适应政府会计改革这一趋势.然而,目前,事业单位对政府会计改革与内部控制建设之间的认知不够深入,事业单位内部控制仍存在诸多问题.基于此,本文首先阐述政府会计改革和事业单位内部控制的关系,叙述政府会计改革背景下事业单位内部控制存在内控意识不强、缺乏有力的内部监督、预算管理水平不足、信息化水平较低等问题.本文从增强内控管理意识、完善监督检查考核评价机制、健全内控管理制度、构建单位内控管理体系、打造嵌入内控要素的信息平台5个方面给出对策,希望为事业单位增强内部控制有效性、加强内部控制建设提供参考.在政府会计制度的实施基础上,加强事业单位的内部控制建设,可以实现预算管理、收支管理、基建建设、政府采购、合同管理等统筹协调发展,促进事业单位的管理水平提高,实现稳定发展.