当前,我国正处在事业单位机构改革与体制创新的重要关头,建立健全事业单位内部控制,可以有效防范事业单位的经营风险,提高管理水平.改革中,公益二类事业单位面临着半公益半市场化的特殊境地.本文重点研究这类事业单位改革过程中内部控制建设与实施方面存在的问题及对策.对于公益二类事业单位而言,其内部控制存在的问题一方面是由于国家政策缺失造成的,包括缺乏对成本意识的要求、缺乏对市场行为的指引、缺乏对从业者专业水平的评价等.另一方面,公益二类事业单位也受到自身条件的限制,包括内部控制意识薄弱、专业人才缺乏、现有内部控制体系难落实等.对此,本文给出相应的合理化建议,在国家层面,建议增加对成本效益原则的要求,完善对不同业务环节的指引,建立对内部控制实施人员业务水平的考评机制.公益二类事业单位自身,则可以从培养正确的内部控制观念、加强人才管理与培训、利用信息化手段助力内控落地等方面入手,最终达到建设落实内部控制体系的目的.笔者相信,通过深入研究公益二类事业单位内部控制问题及对策,对推动我国事业单位改革、提升改革后的公益二类事业单位管理水平能够有积极的现实意义.