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一种基于扩增子测序检测丛枝菌根真菌的方法

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丛枝菌根真菌可以通过与植物建立共生关系促进植物吸收矿质营养,在植物抵御逆境过程中起到重要的作用.新一代测序技术的快速发展极大地推动了微生物多样性研究,扩增子测序技术对植物和土壤样本中丛枝菌根真菌的检测起到了重要的作用.本研究报道一种基于Illumina MiSeq扩增子测序的丛枝菌根真菌检测方法,通过设计专门针对丛枝菌根真菌的引物,对植物和土壤样本中的丛枝菌根真菌进行扩增子测序检测.研究结果表明,设计的引物相较于通用引物fITS7/ITS4在属水平上对丛枝菌根真菌有更高的检出率.建立了一种将测序数据与丛枝菌根真菌代表序列直接比对注释的方法,与OTU代表序列注释的方法相比具有较高的准确度.对丛枝菌根真菌代表序列和检出序列的系统发育分析显示出较好的系统发育关系.本研究有助于更高效检测植物和土壤样本中的丛枝菌根真菌.
A Method for Detecting Arbuscular Mycorrhizal Fungi Based on Amplicon Sequencing

王启、刘广达

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内蒙古科技大学包头医学院药学院,包头,014040

丛枝菌根真菌 扩增子测序 引物 保守基因

内蒙古自治区卫生和计划生育委员会科研计划项目包头市青年创新人才项目、包头医学院青苗计划项目包头医学院秦文斌科技教育基金

201703129BYJJ-QM201780BYJJ-QW201603

2020

10.13417/j.gab.039.005617

基因组学与应用生物学
广西大学

基因组学与应用生物学

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.108
ISSN：1674-568X
年,卷(期)：2020.39(12)
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