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思茅松叶绿体基因组密码子偏好性分析

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密码子偏好性(codon usage bias)是指同义密码子的使用频率不同的现象,该现象广泛存在于植物中.本研究利用Codon W 1.4.2和CUSP软件分析思茅松(Pinus kesiya var.langbianensis)叶绿体基因组的45条CDS,结果显示思茅松叶绿体基因组密码子第三位碱基的GC含量为29.63％,偏好以AT碱基结尾;ENC值在37.66～60.30之间,且ENC值＞45的CDS有37个,占总参试基因的82.22％;GC1、GC2、GC3与GCall均为极显著相关,GC3与ENC呈显著相关.中性绘图分析显示GC12和GC3的相关系数为-0.1114,回归系数为-0.1111;ENC-plot软件分析显示大部分基因与标准曲线的距离较远;PR2-plot软件分析显示思茅松叶绿体基因组在密码子的碱基使用频率方面,T＞A,G＞C.这些说明思茅松叶绿体基因密码子偏好性的主要影响因素为选择,突变的作用较小.本研究为思茅松种源选择、系统发育等研究提供科学依据.
Analysis of Codon Usage Bias in Chloroplast Genome of Simao Pine (Pinus kesiya var.langbianensis)

原晓龙、陈伟、王毅、李江

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云南省林业和草原科学院,云南省森林植物培育与开发利用重点实验室,国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室,昆明,650201

思茅松 叶绿体基因组 密码子偏好性 选择

MS2019-02QN2018-01201304105

2021

10.13417/j.gab.040.001278

基因组学与应用生物学
广西大学

基因组学与应用生物学

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.108
ISSN：1674-568X
年,卷(期)：2021.40(3)
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