首页|三种伞形科蔬菜作物全基因组SBP基因家族的生物信息学分析

三种伞形科蔬菜作物全基因组SBP基因家族的生物信息学分析

扫码查看
原文链接
  • NETL
  • NSTL
  • 万方数据
  • 维普
本研究利用生物信息学方法对三种蔬菜Squamosa启动子结合蛋白(squamosa-promoter binding pro-tein,SBP)基因家族进行了系统的比较分析,包括家族鉴定、系统发育关系、结构及保守基序分析、染色体定位、基因丢失及保留、直系和旁系同源分析、基因表达模式和密码子偏好等分析.以葡萄(Vitis vinifera)为参考,在芹菜(Apium graveolens)、香菜(Coriandrum sativum)、胡萝卜(Daucus carota)和葡萄中分别鉴定到 18、27、21、19个SBP家族成员.系统发育分析表明,85个SBP基因共分为6组,即Group 1～Group6.结合4个物种SBP基因的结构和保守基序分析,发现每个物种SBP家族成员均具有Motif1、Motif2和Motif7,具有高度的保守性.另外,鉴定到4个物种SBP家族中共有42个基因丢失,44个基因复制,说明该基因家族在这4个物种的进化过程中整体数量并无太大波动.通过密码子偏好分析发现这些物种具有共同偏好的唯一密码子AGU,这对伞形科物种进行转基因改良具有重大指导意义.本研究结果为进一步探究植物生长发育及改良育种提供理论基础.
Bioinformatics Analysis of Whole-genome SBP Gene Family of Three Ve-getable Crops in Apiaceae

冯书燕、裴巧英、吴彤、崔春琳、赵唯、平霄瑞、巩克、宋小明

展开 >

华北理工大学生命科学学院,基因组与计算生物学中心,唐山,063210

伞形科 蔬菜作物 SBP基因家族 密码子偏好分析

国家自然科学基金河北省教育厅青年拔尖人才项目河北省研究生示范课程(基因组学)建设项目

31801856BJ2018016KCJSX2018053

2021

10.13417/j.gab.040.003168

基因组学与应用生物学
广西大学

基因组学与应用生物学

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.108
ISSN：1674-568X
年,卷(期)：2021.40(9)
  • 45