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奶牛RORα基因的生物信息学分析与组织表达谱检测

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本研究旨在克隆奶牛(Bos taurus)维甲酸相关孤儿受体α(retinoic acid-related orphan receptor alpha,RORα)的蛋白编码序列(coding sequence,CDS),预测分析其结构与功能特征并验证其真核表达载体在HEK293T细胞中的过表达效果,进一步检测RORα基因在奶牛不同组织的表达谱.本研究提取了奶牛肝脏组织的总RNA,反转录得到cDNA,经过PCR扩增后获得奶牛RORα基因的CDS区片段,随后将其与pcDNA3.1-Puro-N-3HA线性化载体进行同源重组连接.转化感受态细胞DH5α后,对初步鉴定为阳性克隆的重组质粒进行测序.结合测序结果,利用ExPASy、Protscale和DNAstar等生物信息学软件,对奶牛RORα蛋白的理化性质和功能特性进行预测分析.将对照组空质粒pcDNA3.1-Puro-N-3HA和试验组重组质粒pcDNA-3.1-3HA-RORα分别转染至HEK293T细胞,借助实时定量PCR和蛋白质印迹法检测奶牛RORα基因的过表达效果.借助半定量RT-PCR技术检测奶牛RORα基因在肝脏、脾脏和肌肉等7个组织的相对表达量.PCR结果显示,成功克隆了奶牛RORα基因的CDS区片段;酶切及测序结果表明重组质粒pcDNA3.1-3HA-RORα构建成功;生物信息学软件预测分析结果表明,奶牛RORα蛋白三级结构与山羊(Capra hircus)、小鼠(Mus musculus)的高度相似;不同物种间同源性比对显示,奶牛RORα基因与山羊的相似性最高;实时定量PCR和蛋白印迹法结果表明,与对照组相比,试验组HEK293T细胞中奶牛RORα基因的mRNA和蛋白表达水平均显著升高;半定量RT-PCR结果表明,在所检测的7个组织中,奶牛RORα基因在肝脏表达量最高,在脾脏表达量最低.本研究成功克隆了奶牛RORα基因的CDS区片段,在HEK293T细胞中验证了其真核表达载体在mRNA和蛋白水平的表达效果,并分析了其结构与功能特征,检测了其在不同组织的表达谱,为深入探究其在奶牛生殖与代谢调控中的作用机制提供了前期基础.
Bioinformatics Analysis and Tissue Expression Profiles Detection of RORRα Gene in Bos taurus

Bos taurusExpression profileRORα geneCircadian clockBioinformatics analysis

刘薇、王博、王逢博、张粉丽、杨王浩、赵泓淙、高登科、张海森、李超、靳亚平、陈华涛

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西北农林科技大学动物医学院,杨凌,712100

西北农林科技大学农业农村部动物生物技术重点实验室,杨凌,712100

奶牛 表达谱 RORα基因 生物钟 生物信息学分析

陕西省农业农村厅农业专项国家自然科学基金国家自然科学基金中国博士后科学基金

NYKJ-2021-YLXN1031771301316021252018T111112

2023

基因组学与应用生物学
广西大学

基因组学与应用生物学

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子:1.108
ISSN:1674-568X
年,卷(期):2023.42(1)
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