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毛竹及其2种竿型变异类型的全基因组重测序分析

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毛竹(Phyllostachys edulis)是中国重要的经济竹种,在长期栽培与进化中产生了许多变异类型.为了 解这些变异类型的全基因组变异情况和形态变异机制,本研究选取了八字竹(P.edulis'Bicanna')、厚竹(P.edulis'Pachyloen')以及2个毛竹野生个体作为研究材料,进行了全基因组重测序分析.结果表明:从变异数量来看,八字竹中SNP、InDel、SV的数量均比厚竹少,但是非同义突变SNP与造成移码突变的InDel数量比厚竹多.SNP在19号染色体密度最大,InDel在9号染色体密度最大.系统发育分析结果表明八字竹和厚竹为姊妹群,支持八字竹是由厚竹变异而来的推断.变异基因GO功能注释分析发现,八字竹和厚竹中ADP结合、碳水化合物结合和防御反应等多个过程中富集显著.KEGG功能注释分析发现,两者的变异基因分别注释到185和172个代谢通路中.八字竹和厚竹中,倍半萜类和三萜类生物合成通路都显著富集.此外,八字竹中离子通道通路显著富集,厚竹中糖基转移酶和带有EC编号的酶等通路显著富集.这些显著富集的通路中的变异基因可能在八字竹和厚竹的功能性状及竿型形态建成中有重要作用.本研究结果可为毛竹群体和变异类型分子标记的开发以及竹类植物形态多样性机制研究提供重要理论依据.
Whole Genome Resequencing Analysis of Moso Bamboo(Phyllostachys edulis)and Its Two Culm Variants

Moso bambooWhole genome resequencingSingle nucleotide polymorphismsIndelsStructural variation

沈丽丽、曹斌斌、杨光耀、于芬、张文根、国春策

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江西农业大学林学院,江西省竹子种质资源与利用重点实验室,南昌,330045

毛竹 全基因组重测序 单核苷酸多态性 小片段插入缺失 结构变异

国家重点研发计划中央引导地方科技发展资金项目江西省林业局科技创新专项

2021YFD2200502_420202ZDB01011201931

2023

基因组学与应用生物学
广西大学

基因组学与应用生物学

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子:1.108
ISSN:1674-568X
年,卷(期):2023.42(6)
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