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意大利蜜蜂丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶基因和全长转录本鉴定及验证

Identification and verification of genes and full-length transcripts of serine/threonine protein kinases in Apis mellifera ligustica

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[目的]利用前期获得的高质量纳米孔长读段测序数据对意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶基因和全长转录本进行鉴定和分析,为深入开展功能研究提供参考信息和基础.[方法]基于前期获得的高质量意大利蜜蜂纳米孔长读段测序数据,通过Blast工具将意大利蜜蜂全长转录本比对Nr数据库筛选出丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶基因和全长转录本;利用gffcompare软件将筛选出的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶全长转录本与西方蜜蜂A.mellifera参考基因组(Amel_HAv3.1)上注释的转录本进行比较,以鉴定未注释的新基因和新转录本;使用Astalavista软件鉴定丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶基因的可变剪接(alternative splicing,AS)事件类型,采用IGV浏览器对剪接体的结构进行可视化,通过RT-PCR验证随机选取的6次AS事件的真实性.[结果]共鉴定到意大利蜜蜂丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶71个基因和335条全长转录本,发掘出未注释的1个新基因和97条新转录本;共对14个已注释基因进行了结构优化,分别延伸了 6个基因的5'端和8个基因的3'端.共鉴定到意大利蜜蜂丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶7个基因的57次AS事件,包括40 次外显子跳跃(exon skipping,ES)事件、15 次可变 5'端剪接位点(alternative 5'splicing site,A5SS)事件和2次可变3'端剪接位点(alternative 3'splicing site,A3SS)事件.对随机选取的6次AS事件的RT-PCR结果表明,所有目的片段均符合预期大小,证实了 AS事件的真实性.[结论]本研究系统鉴定了意大利蜜蜂丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶基因和全长转录本,优化了西方蜜蜂参考基因组注释的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶的基因结构.

范小雪、张凯遥、朱乐冉、王紫馨、张奎昊、牛庆生、徐细建、骆群、陈大福、郭睿

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福建农林大学动物科学学院(蜂学学院),福州350002

吉林省养蜂科学研究所,吉林132000

江西省养蜂研究所,南昌330000

福建省蜂疗研究所,福州350002

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意大利蜜蜂 丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 全长转录本 第三代测序技术 纳米孔测序

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2023

10.16380/j.kcxb.2023.04.005

昆虫学报
中国科学院动物研究所,中国昆虫学会

昆虫学报

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：0.756
ISSN：0454-6296
年,卷(期)：2023.66(4)
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