在一个生态系统中,最为充满活力的结构和功能单位当属微生物的群落,其数量之多,种类之多是生态系统中绝大多数群落所无法比拟的.所以研究和探索丰富多彩的微生物群落的结构和生存能推动对生态系统的探知.对微生物群落进行研究的技术也在微生物学快速发展的进程中不断的创新进步,高通量测序就是当下对微生物群落进行研究的一种十分有效的方式.通过这种科研技术能够在一次测序中得到很多条不同的基因序列,这对科研的效率是极大的提高,所以高通量测序的技术在环境微生物学中的应用十分广泛,受到业内专业人士的高度追捧.本文对高通量测序及其应用进行了简要的阐述.