目的:建立以线粒体COI基因作为分子标记的蝇类分子鉴定方法.方法:设计COI基因引物对成都双流机场口岸常见4科10属14种卫生蝇类进行PCR扩增和序列测定,并与不同地区蝇类的COI基因片段比较,分析其碱基差异和系统发育关系.结果:部分不同地理来源的种类种内碱基差异变化较大,中国四川与马来西亚棕尾别麻蝇碱基差异为3.4%,中国四川与中国广东巴浦绿蝇碱基差异为3.3%;其他种类种内碱基差异较小(<1.0%).系统发育分析显示所有种类的COI基因分子鉴定结果和形态学结果相一致.麻蝇科种类聚为一个分支,而丽蝇科、花蝇科和蝇科种类没有聚集形成单系.结论:可以将COI基因片段作为分子标记,建立一种适用于口岸的蝇类种类之间分子鉴定方法.