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四川山胡椒叶绿体基因组特征及山胡椒属系统发育

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[目的]四川山胡椒具有重要的药用价值,开展叶绿体基因组研究对山胡椒属物种鉴定、遗传多样性分析和资源保护具有重要的理论和实践意义.[方法]基于Illumina HiSeq 2000高通量测序平台进行测序,从头组装了完整的四川山胡椒叶绿体基因组,并对其基因组结构、基因构成及序列重复和系统发育进行分析.[结果]四川山胡椒叶绿体基因组全长152851 bp,呈典型的四分结构,共编码125个基因,其中蛋白编码基因81个,tRNA基因36个,rRNA基因8个;编码基因的鸟嘌呤和胞嘧啶碱基的出现频率GC3s为27.96％,21个最优密码子中有20个以A/U(T)结尾;27对长序列重复中,正向重复和回文重复分别占比44％和41％,长度为30 bp和33 bp的序列分别占44％和30％;181个SSR位点中,A/T单碱基重复占68％,位于基因间区的占55％;鉴定了6个高变区(petA-psbJ、trnH-psbA、petK-psbI、ccsA-ndhD、rpl32-trnL和ycf1);系统发育分析显示,山胡椒属分为5个聚类组,四川山胡椒与黑壳楠亲缘关系最近.[结论]四川山胡椒叶绿体基因组结构保守,偏好以A或U(T)结尾的密码子;鉴定的高变区和SSR位点可作为山胡椒属物种鉴定的DNA条形码.研究结果可为山胡椒属分子标记开发、系统进化研究及优良品种选育提供参考.
Characterization of the Chloroplast Genome of Lindera setchuenensis and Phylogenetics of the Genus Lindera

刘潮、唐利洲、韩利红

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曲靖师范学院生物资源与食品工程学院 云南省高校云贵高原动植物多样性及生态适应性进化重点实验室云南省高校特色果酒技术创新与应用工程研究中心 曲靖 655011

四川山胡椒 密码子使用偏性 SSR 系统发育 突变热点

国家自然科学基金国家自然科学基金云南省地方本科高等学校基础研究联合专项

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2021

10.11707/j.1001-7488.20211217

林业科学
中国林学会

林业科学

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.272
ISSN：1001-7488
年,卷(期)：2021.57(12)
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