采取ISSR分子标记对48份棉花种质资源的遗传多样性进行分析,从60条ISSR引物中筛选出11条引物,这11条引物共扩增出92个条带,平均每条引物扩增出8.36个条带;其中多态性带77个条带,多态率达83.70%.UPGMA聚类分析显示,48份材料的相似性系数(GS)变化范围在0.27~0.93之间.聚类将48个种质资源划分为4个大类(GS=0.55),湛江野生棉、廉江野生棉与其它品种在遗传上有很大差别,属于较原始类型,归为一类;长绒棉与陆地棉品种存在明显的遗传差异也单独归为一类;其它不同省份的陆地棉品种在遗传上有较高的相似性,归为其它类型.分析结果表明,ISSR具有丰富遗传多样性和稳定性,是一种较好的遗传分子标记,适宜于棉花品种遗传多样性分析.