摘要
[目的]了解鹅耳枥属(Carpinus)树种叶绿体基因组基因组成及结构特征,为鹅耳枥属的系统发育及基因组进化研究提供参考.[方法]获取鹅耳枥属16个树种的叶绿体基因组,对其进行基因注释,利用生物信息学方法比较叶绿体基因组间的结构特征与变异程度,并以麻栎(Quercus acutissima)为外类群分析了鹅耳枥属的系统发育关系.[结果]鹅耳枥属16个树种的叶绿体基因组均为双链环形结构,均包含1个长单拷贝区(LSC)、1个短单拷贝区(SSC)以及2个反向重复区(IRa和IRb).叶绿体基因组大小差异较小,最大差异仅1 902 bp.基因排列顺序基本一致,各基因数量相对保守,其中核糖体RNA(rRNA)数量最为保守,所有树种均为8个.此外,鹅耳枥属树种叶绿体基因组在序列长度、基因组成以及GC含量等方面相对保守,但4个边界存在明显的多样性.鹅耳枥属叶绿体基因组中非基因编码区存在较大差异,变异程度较高,而基因编码区差异较小,具有较高的保守性.在叶绿体基因组4个部分中,LSC区的变异程度最高,IRa区的变异程度最低.鹅耳枥属叶绿体基因组中psbA、rps 16、atpA、rps 19、ndhF、ndhI 以及 ycf1 等基因的编码区存在显著差异.此外,ycf3-tmS,trnS-rps 4,trnH-psbA,psbZ-trnfM,matK-rps 16,rps 16-tmQ,tmQ-psbK,ccsA-ndhD,accD-psaI,ndhC-tmV,tmT-trnL,trnF-ndhJ,at-pB-rbcL,trnT-psbD,trnE-tmT,trnD-trnY,rpl32-trnl等基因间隔区的非编码区差异较大.绝大部分基因的编码区长度十分保守,含内含子的蛋白编码基因长度变异主要来源于内含子长度或编码区长度.系统发育分析结果将鹅耳枥属划分为鹅耳枥组与千金榆组,此外由于地理隔离导致欧洲鹅耳枥(C.betulus)、美洲鹅耳枥(C.caroliniana)与鹅耳枥属其他树种表现出较远的亲缘关系.[结论]鹅耳枥属树种叶绿体基因组具有较高的保守性,其基因排列顺序基本一致,未检测到大规模的倒位或基因重排,但其IR区与单拷贝区(SC)边界存在明显的多样性.基于叶绿体基因组构建的系统发育树在一定程度上可以揭示鹅耳枥属树种的系统发育关系.
基金项目
林业科技成果国家级推广项目(2019133119)
江苏省"333工程"项目(BRA2018065)
国家自然科学基金(31770752)
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