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3个茶树品种WOX基因家族的进化及密码子偏好性比较

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[目的]WOX基因家族在模式植物组织培养中扮演着重要的分子调控角色.非模式植物WOX基因家族的系统发育和密码子使用偏好性研究有助于探索遗传进化规律和基因表达特征,进而为其转基因体系构建提供指导.[方法]利用生物信息学方法在3个茶树品种全基因组数据中鉴定WOX基因;通过ClustalX 2.1和MEGA X软件探索它们的进化规律.运用Perl语言、Codon W 1.4.2程序和SPSS 23.0等软件分析3个茶树品种WOX基因编码序列,探究它们的密码子使用偏好模式;基于ENc-GC3s、PR2分析和中性分析结果解析影响密码子偏好的主要因素.[结果]共鉴定出42个WOX成员,其中'云抗10号'(CSA)11个,'舒茶早'(CSS)18个,'云南野生古茶DASZ'(DASZ)13个,系统发育揭示3个茶树品种WOX基因在进化上存在较强的保守性.密码子偏好性分析揭示,3个茶树品种WOX基因密码子都偏好使用A/T和以A/T结尾;CSA和DASZ的WOX基因密码子使用模式相似,表明两者亲缘关系较近;以CSA和CSS作为转基因受体时,3个茶树品种WOX基因中个别密码子需优化;烟草是3个茶树品种WOX基因的最佳异源表达受体;ENc-GC3s绘图、PR2分析和中性分析表明自然选择是影响3个茶树品种WOX基因密码子使用偏倚的主要因素.[结论]3个茶树品种WOX基因进化上较保守,密码子偏好使用A/T和以A/T结尾,且密码子偏好原因主要是自然选择;揭示出转茶树时密码子的优化信息和烟草为最佳异源表达受体的结果.
A comparative study of the evolution and codon usage bias in WOX gene family of three Camellia sinensis cultivars

王占军、吴子琦、王朝霞、欧祖兰、李杰、蔡倩文、徐忠东、张照亮

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合肥师范学院生命科学学院,安徽合肥 230601

安徽农业大学茶树生物学与资源利用国家重点实验室,安徽合肥 230036

茶树 WOX基因家族 进化分析 密码子偏好性 转基因表达

国家自然科学基金安徽农业大学茶树生物学与资源利用国家重点实验室开放基金安徽省高校优秀青年人才支持计划

32072624SKLTOF20200129gxyq2020040

2022

10.12302/j.issn.1000-2006.202108049

南京林业大学学报(自然科学版)
南京林业大学

南京林业大学学报(自然科学版)

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.012
ISSN：1000-2006
年,卷(期)：2022.46(2)
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