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基于SLAF-seq技术的舒玛栎群体遗传多样性与遗传结构分析

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[目的]对美国引进的不同种源舒玛栎群体进行遗传多样性与遗传结构分析,揭示其遗传分化特点及单株间遗传关系,为舒玛栎种质资源的保护与品种选育提供理论依据.[方法]以舒玛栎6个种源30个单株以及外类群纳塔栎5个单株为材料,基于SLAF-seq技术进行简化基因组测序,开发一批SNP标记并选择其中多态性的SNP标记进行基因分型.利用GenAlex、Arlequin、MEGA、Admixture和Cluster等软件进行遗传多样性参数估算、F统计量及分子分差分析、进化树构建、遗传结构与PCA主成分分析.[结果]35个栎树个体SLAF测序平均深度11×,碱基质量(Q30)平均为93％,GC含量平均为38.9％.共获得4256436个SLAF标签,开发多态性SNP标记8459025个,SNP完整度平均为79.29％,杂合率平均为14.15％.舒玛栎6个种源平均有效等位基因数为1.31个,多态性位点比例平均为49.21％;观测杂合度(Ho)与期望杂合度(He)变化范围分别为0.13～0.16和0.17～0.21;多态信息含量(PIC)、香农指数(I)、Nei's基因多样性指数(H)和群体内的近交系数(FIS)平均值分别为0.15、0.34、0.09和0.19.不同种源间Nei's遗传距离和遗传分化系数(FST)变化范围为0.08～0.18和0.15～0.39.分子方差分析表明舒玛栎遗传变异主要来自个体间.遗传结构分析显示30个舒玛栎个体来源于3个原始的祖先.[结论]舒玛栎群体遗传多样性水平较高,群体间遗传分化程度较大,在品种选育中应注重群体内个体优树的选择.
Genetic diversity and structure analyses of Quercus shumardii populations based on SLAF-seq technology

何旭东、郑纪伟、教忠意、窦全琴、黄利斌

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江苏省林业科学研究院,江苏南京 211153

舒玛栎 遗传多样性 遗传结构 SLAF-seq SNP

江苏省科技计划江苏省林业科学研究院自主科研项目

BE2015370BM2018022-3

2022

10.12302/j.issn.1000-2006.202010036

南京林业大学学报(自然科学版)
南京林业大学

南京林业大学学报(自然科学版)

CSTPCDCSCD北大核心
影响因子：1.012
ISSN：1000-2006
年,卷(期)：2022.46(2)
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